Ja, du wählst "Datei öffnen mit" und weiter?
Also bei mir ist es so, dass ich dann nur NetObjekts Fusion auswählen kann, ich kann allerdings nicht auswählen, mit welcher der installierten NOF-Versionen ich die Datei öffnen möchte. Und bei mir ist es dann so, dass die Datei automatisch immer mit einer der älteren NOF-Versionen geöffnet wird. Wenn du aber zuletzt mit NOF 12 an der Datei gearbeitet hast und dein PC versucht die Datei mit NOF 9 zu öffnen, dann gibt es genau die von dir beschriebene Meldung.
Merke dir mal den Pfad, zu der Datei, die zu öffnen versuchst.
Dann starte dein NOF12 und gehe oben auf Datei öffnen. Es öffnet sich ein Dialog wie du ihn von Windows gewohnt sein dürftest und du suchst nun über dieses Fenster die besagte Datei. Wenn du sie nun öffnest, sollte es auch funktionieren.