Normaler Weise sollte es mit dem Häkchen "nur veränderte Assets..." klappen... aber was ist schon normal.
Ich beobachte des öfteren, dass mit der von dir beschriebenen Einstellungen dann gar nichts auf dem Server ankommt.
Schau doch mal in die Assetverwaltung und doppelklicke besagte Assets mal. Es öffnet sich ein kleines Fenster. Wenn dort ein Häkchen bei "immer publizieren" (oder so ähnlich) gesetzt ist, dann nimm dies mal raus.
Wenn das nicht der Fall ist, kannst du alternativ noch in die Publizieren-Ansicht gehen, dort mit einem Rechtklick auf betroffene Assets deren eigenschaften aufrufen und dann im Eigenschaften-Fenster ein Häkchen bei " nicht publizieren" setzen.
Solltest du die Dateien irgendwann mal aktualisieren, müsstest du nur daran denken, das Häkchen vorübergehend zu entfernen.